Núcleos

Antropologia

Núcleo de Antropologia Audiovisual e Estudos da Imagem e Grupo de Antropologia Urbana e Maritima (Navi e Gaum)
Núcleo de Antropologia do Contemporâneo (Transes)
Núcleo de Arte, Cultura e Sociedade na América Latina e no Caribe (Musa)
Núcleo Dinâmicas Urbanas e Patrimônio Cultural (Naui)
Núcleo de Estudos de Saberes e Saúde Indígena (Nessi)
Núcleo de Estudos de Populações Indígenas (Nepi)
Núcleo de Estudos sobre Identidade e Relações Interétnicas (Nuer)
Núcleo de Identidades de Gênero e Subjetividades (NIGS)
Núcleo de Pesquisa em Antropologia Fundamental (A-funda)

Doutorado Interdisciplinar em Ciências Humanas

Modos de Vida, Família e Relações de Gênero (Margens)
Núcleo de Antropologia Audiovisual e Estudos da Imagem (Navi)
Núcleo de Estudos e Pesquisas Educação e Sociedade Contemporânea
Núcleo de Estudos e Pesquisas em Serviço Social e Relações de Gênero (Nusserge)
Núcleo de Estudos e Pesquisas Sobre Profissões e Instituições (NEPPI)
Núcleo de Estudos em Sociologia, Filosofia e História das Ciências da Saúde (NESFHis)
Núcleo de Identidades de Gênero e Subjetividades (NIGS)
Núcleo de Pesquisa em Jornalismo Científico, Infografia e Visualização de Dados (Nupejoc)
Núcleo de Ecologia Humana e Sociologia da Saúde
Núcleo de Estudos de Identidades e Relações Interétnicas (Nuer)
Núcleo Transdisciplinar de Meio Ambiente e Desenvolvimento (NMD)

Filosofia

Núcleo de Epistemologia e Lógica (NEL)
Núcleo de Ética e Filosofia Política (Nefipo)
Núcleo de Ética Prática (Nuep)
Núcleo de Estudos e Atividades Filosóficas no Ensino Médio
Núcleo de Filosofia Antiga (NFA)
Núcleo de Investigações Metafísicas (NIM)
Núcleo Interdisciplinar de Estudos Medievais (Meridianum)

Geociências

Núcleo de Estudos Asiáticos (Neas)
Núcleo de Estudos e Pesquisas de Ensino de Geografia (Nepegeo)
Núcleo de Estudos e Pesquisas do Materialismo Histórico e Geográfico (NEPEMHG)
Núcleo de Estudos em Permacultura (Neperma)
Núcleo Interdisciplinar em Gestão Ambiental (NGA)

Geologia

Núcleo de Pesquisas Geológicas (NPG)

História

Núcleo de Estudos em História da América Latina (NEHAL)
Núcleo de Estudos em Políticas da Escrita, da Memória e da Imagem (Nepemi)
Núcleo Interdisciplinar de Estudos Medievais (Meridianum)

Psicologia

Modos de Vida, Família e Relações de Gênero (Margens)
Núcleo de Estudos Trabalho e Constuiçao do Sujeito (NETCOS)
Núcleo de Estudos e Ações em Gênero, Educação, Mídia e Subjetividade (NUGEMS)
Núcleo de Estudos e Pesquisas em Desenvolvimento Infantil (Nepedi)
Núcleo de Estudos  e Pesquisas em Processos Psicossociais e de Saúde nas Organizações e no Trabalho (NEPPOT)
Núcleo de Análise do Comportamento  (NAC)
Núcleo de Estudos sobre Deficiência (NED)
Núcleo de Estudos sobre Psicologia, Migrações e Culturas (NEMPSIC)
Núcleo de Pesquisa em Práticas Sociais, Estética e Política (Nupra)
Pesquisas em Clínica da Atenção Psicossocial (PSICLIN) 

Sociologia e Ciência Política

Instituto de Pesquisa em Risco e Sustentabilidade (Iris)
Núcleo de Ecologia Humana e Saúde (Ecos)
Núcleo de Estudos da Educação e Juventude Contemporânea (Nejuc)
Núcleo de Estudos do Pensamento Político (NEPP)
Núcleo de Estudos em Comportamento e Instituições Políticas (Necip)
Núcleo de Estudos em Sociologia, Filosofia e História das Ciências da Saúde (NESFHIS)
Núcleo de Estudos sobre Agricultura Familiar (NAF)
Núcleo de Estudos Sociopolíticos do Sistema Financeiro (Nesfi) 
Núcleo de Pesquisa em Movimentos Sociais (NPMS)
Núcleo de Sociologia Econômica (Nusec)
Núcleo Interdisciplinar em Políticas Públicas (NIPP)
Núcleo Transdisciplinar de Meio Ambiente e  Desenvolvimento (NMD)